Dentro de las plagas que causan daño en el cultivo de cacao se pueden mencionar un gran número de plagas como la gallina ciega que afecta principalmente la raíz, las tortugillas, gusanos peludos, gusanos nocheros y grillos.
Estas plagas no son difíciles de controlar con la aplicación de repelentes a base de chile, ajo o cebolla se logran ahuyentar a acepción de la gallina ciega que su método de control es más complicado por vivir en el suelo.
Mientras tanto, entre las enfermedades consta la Moniliasis (Moniliopnthora roreri). Esta enfermedad es producida por un hongo, el cual ataca únicamente a los frutos (mazorcas) en cualquier momento de su crecimiento. Su daño principal se produce en los granos, llegando a causar la pérdida de toda la producción. Se transmite a través del viento o la lluvia y la manipulación de frutos enfermos.
En cambio, la mazorca negra (Phytophthora palmivora). Es un hongo muy diferente al que produce la moniliasis, este ataca a las plantas en todas las etapas de crecimiento desde: la raíz, ramas, retoños, flores y frutos. Vive en el suelo y se transmite por la lluvia y herramientas sin desinfectar. El mecanismo de control es el mismo que para moniliasis.
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