TGAC, junto con la Universidad Nacional de Río Cuarto (UNRC), Instituto de Agrobiotecnologica Rossario (INDEAR), y otros socios europeos, han completado la secuencia del genoma de una cepa modelo de la bacteria del suelo Azospirillum brasilense para ayudar a mejorar la productividad de la agricultura.
La bacteria del suelo, aislado de las raíces del trigo en la región central de Argentina, se ha utilizado como un bio-fertilizante en la agricultura durante las últimas cuatro décadas. Una de las principales características de laAzospirillum bacteria que ayuda a la sanidad vegetal es su capacidad para ser capaz de producir los reguladores de crecimiento de plantas. Mediante la secuenciación del genoma de la cepa de la bacteria modelo, Azospirillum brasilense (Az39), los mecanismos potenciales responsables de la mejora de crecimiento puede ser descifrado.
Como la bacteria del suelo más estudiado-que estimula el crecimiento de la planta, Azospirillum brasilense es responsable de la importante mejora de crecimiento y el rendimiento de la productividad más de un centenar de especies de plantas.
Para secuenciar el genoma, TGAC realizó el análisis de mapeo óptico con un OpGen Argus asignador de todo el genoma para validar el genoma de montaje final. Bernardo Clavijo, Jefe de Proyecto del Grupo de Desarrollo de Algoritmos en Bioinformática TGAC, explica el proceso analítico:
“mapeo óptico es una tecnología que produce un mapa de restricción de un genoma, que es esencialmente una lista de distancias a la que una secuencia conocida se produce en el ADN. Saber dónde se encuentra esta etiqueta le permiten anclar montado secuencias más cortas de un experimento de secuenciación y confirme su validez, más o menos como cómo unas pocas nubes pequeñas y su posición en una guía de imagen que daban los consejos necesarios para montar un cielo azul de otra manera difícil de alcanzar en un rompecabezas “.
David Baker, plataformas y oleoductos Team Leader en TGAC, dijo: “Mapeo del genoma completo es una herramienta poderosa en la validación de la secuenciación de genomas pequeños Somos privilegiados aquí en TGAC tener el equipo y la experiencia para ejecutar este tipo de muestras desde la recepción de.. material de muestra a la alineación de los mapas ópticos demora varios días de trabajo “.
Azospirillum brasilense es una bacteria que se encuentra en los rhizopheres de varias hierbas. Rhizopheres son las regiones estrechas del suelo que está directamente influenciada por las secreciones de raíces y los microorganismos del suelo asociados. Inoculantes microbianos, también conocidos como inoculantes del suelo, se utilizan para mejoras agrícolas que utilizan endófitos valiosos (microbios) para fomentar la salud de la planta. Muchos de los microbios que intervienen forman relaciones de beneficio mutuo con los cultivos objetivo, mientras que los inoculantes microbianos se aplican para mejorar la nutrición de las plantas, también pueden ser utilizados para promover el crecimiento de plantas mediante la estimulación de la producción de hormona de la planta. La investigación sobre los beneficios de inoculantes en la agricultura se extiende más allá de su condición de biofertilizantes. Inoculantes microbianos pueden alentar la resistencia de las especies de cultivo para varias enfermedades de los cultivos comunes.
TGAC es financiado estratégicamente por BBSRC y opera una capacidad nacional para promover la aplicación de la genómica y la bioinformática para avanzar en la investigación de la biociencia y la innovación.
Acerca TGAC
El Centro de Análisis Genómico (TGAC) es un instituto de investigación de clase mundial se centra en el desarrollo de la genómica y la biología computacional. TGAC se basa en el Parque de Investigación Norwich y recibe financiamiento estratégico de la Biotecnología y Ciencias Biológicas de Investigación (BBSRC) – 7.4M libras en 2013/14 -, así como el apoyo de otros proveedores de fondos de investigación. TGAC es uno de los ocho institutos que reciben financiación estratégica de BBSRC. TGAC opera una capacidad nacional para promover la aplicación de la genómica y la bioinformática para avanzar en la investigación de la biociencia y la innovación.
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